自2002年中科院实施的知识创新工程试点以来，我所取得了多项科研成果，获得国家和省部级科研成果奖励20项，其中国家二等奖3项，第一完成单位1项；省部级一等奖7项，第一完成单位5项。具有代表性的成果有：

“持久性有机污染生物有效性研究”获得2003年广东省科学了技术一等奖，并于2006年获得国家自然科学二等奖，傅家谟院士由于在有机地球化学和环境科学领域中做出的突出贡献，被授予首届“广东省科学技术突出贡献奖”。该奖于2007年底由广东省人民政府设立，授予在广东省从事自主创新工作，为建设创新型广东做出重大突出贡献的科技人员。

陈鸣研究员与美国卡内基地球物理实验室合作者经过近7年的合作完成了“天然后尖晶石超高压矿物的发现” 。天然后尖晶石超高压矿物包括谢氏超晶石和另一种铬铁矿高压多形，产出在冲击变质陨石中，这是首次在自然界发现的后尖晶石结构超高压矿物。谢氏超晶石于2008年获得国际新矿物、命名与分类委员会的批准和正式命名。天然后尖晶石超高压矿物的发现引起了国际地质学界的关注。天然后尖晶石超高压矿物的发现表明地球深部可能存在“尖晶石-后尖晶石”结构转变。后尖晶石超高压矿物的天然产状是可应用于判断冲击变质陨石和从地球深部折返的地幔岩石压力温度历史的压力标准。他们的发现不但为探索地球深部岩石成因历史提供了一个有效窗口，而且为当前受到广泛关注的大陆碰撞带构造地质学研究开辟了一个有效的途径。研究成果入选中国地质学会“2008年度十大优秀地质科技成果”。

2006-2008年，全所共发表学术论文1467篇，其中SCI收录的国际刊物论文439篇、SCI收录的中国刊物论文120篇、中国核心刊物及统计源刊物论文908篇。出版专著22种。由于研究所近几年重视应用技术和技术开发工作，专利成果也得到明显提高。